甲状腺激素在治疗甲减时需要注意，可能会有的副作用如下：
（1）对心脏的副作用：甲减患者随着甲状腺激素的替代治疗，偏高的胆固醇可以降低。但如果替代治疗的剂量不足，虽可能减少骨质疏松症和骨折的危险性，但却可以增加高胆固醇血症和冠心病的危险因素。如果甲状腺激素剂量较大，长期给予过量的甲状腺激素，又可以使心肌耗氧量增加，引起无冠心病的甲减患者发生心力衰竭、心肌缺血及心肌梗死。因此在甲减的替代治疗中，一定要从小剂量谨慎开始，密切观察心脏的问题，要监测血脂、心电图等。甲状腺素用药剂量要调节在一个合适的水平，既要改善甲减症状，又要不增加心脏受损的危险。
（2）对骨骼的副作用：甲状腺激素可以直接刺激骨骼细胞，增加对骨吸收的作用，是促进骨质疏松的危险因素。甲亢患者几乎均有骨矿物质含量减少。外源性甲状腺素与内源性的甲亢一样，也可以使患者产生骨质疏松症，增加骨痛和骨折的危险。临床应注意观察，增加室外活动，进食含钙量大的食品，适量补钙，适量控制甲状腺素的剂量。可以减少发生骨质疏松症的风险。
（3）对肝脏的副作用：甲状腺激素替代治疗后，可有亚临床的肝脏损害，肝酶可以增高。加强营养，定期监测肝功能，发现肝脏损害，及时给予保肝治疗。可有效防止肝损害。
（4）对肌肉和电解质：甲状腺激素过多和过少都会引起甲状腺肌肉病变。甲减性肌病用甲状腺激素替代治疗，可以取得良好的疗效；但如果长期过量服用甲状腺激素，则又会导致药源性甲亢，诱发甲亢性肌病发生，发生低血钾和肌无力等。因此必须注意密切观察病情变化。
（5）其他：过量服用甲状腺激素，可以发生药源性甲亢，出现甲亢的临床表现。还可能会诱发糖尿病发生，或使原有的糖尿病血糖升高。

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