甲状腺疾病分类方法有多种。从功能上分，有甲亢和甲减。从病变部位分，有原发性甲状腺疾病和继发（下丘脑及垂体）性甲状腺疾病。从病因分有碘缺乏病、自身免疫性疾病和基因遗传性甲状腺疾病。从形态和病理上分有甲状腺炎、甲状腺肿、甲状腺囊肿、甲状腺腺瘤和甲状腺癌等。最常见的分类是将甲状腺炎、甲状腺肿、甲状腺囊肿、甲状腺腺瘤和甲状腺癌等统归之甲状腺肿大。将甲状腺疾病分为甲亢、甲减和甲状腺肿大三大类。较完整的分类，临床一般可分成七大类：
（1）甲状腺肿：①弥漫型甲状腺肿包括毒性弥漫性甲状腺肿（GD甲亢）、单纯性甲状腺肿、桥本病甲状腺肿、甲减性甲状腺肿等。单纯性甲状腺肿又有地方性甲状腺肿（简称地甲肿）和散发性甲状腺肿之别。二者都与缺碘或甲状腺激素合成障碍（碘利用障碍）有关，属于代偿性甲状腺肿。只是前者由环境缺碘致病，属于碘缺乏病之一；后者与甲状腺先天性摄碘或激素合成障碍有关。②结节性甲状腺肿可见于单纯性结节型甲状腺肿和各种甲状腺炎，也可见于毒性结节型甲状腺肿（甲亢性结节型甲状腺肿），还可见于各种良性和恶性肿瘤。结节可以是单个，也可以是多个。结节可以是有分泌甲状腺激素功能的，也可以是无分泌甲状腺激素功能的。多结节甲状腺肿多由单纯性弥漫性甲状腺肿发展而来。单纯性甲状腺肿，早期为单纯性弥漫性甲状腺肿，中后期可以变为多结节性甲状腺肿。③混合型甲状腺肿。在弥漫性甲状腺肿大的基础上存在一个或多个结节。
（2）甲状腺功能亢进症（甲亢）：有毒性弥漫性甲状腺肿（GD甲亢）、毒性多结节性甲状腺肿、慢性淋巴细胞性甲状腺炎并甲亢（桥本病甲亢）、毒性甲状腺腺瘤、自主性高功能甲状腺结节、亚甲炎早期、碘甲亢、垂体性甲亢等。80%以上的甲亢都是Graves病，又称GD甲亢。
（3）甲状腺功能减退症（甲减）：有先天性甲减和后天性甲减。先天性甲减由甲状腺发育不全或基因缺陷造成。后天性甲减由多种原因导致。包括：长期碘缺乏、手术或放射治疗对甲状腺组织毁坏过多、各种甲状腺炎对甲状腺的破坏、抗甲状腺药物的过度服用、甲状腺肿瘤的浸润破坏和下丘脑—垂体病变间接导致甲状腺激素分泌不足等。
（4）各种甲状腺炎：包括慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）、亚急性甲状腺炎（亚甲炎）、急性化脓性甲状腺炎、急性放射性甲状腺炎、产后无痛性甲状腺炎、慢性纤维化性甲状腺炎等。
（5）甲状腺肿瘤：包括甲状腺囊肿、甲状腺腺瘤、甲状腺癌。在诊断不明时，常笼统归之甲状腺肿大。
（6）异位甲状腺：以舌甲状腺和胸骨后甲状腺较为多见。
（7）末梢性甲状腺功能异常：可叫做甲状腺素抵抗综合征（SRTH），又名甲状腺激素不应症，甲状腺激素不敏感症。其病因与体内靶组织器官对甲状腺激素的反应性降低有关。

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