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甲状腺疾病的诊断，一般有形态诊断、功能诊断、免疫学诊断和病理学诊断。在有条件的情况下，对一个患者有了这四个方面的检查和诊断，才能是对治疗和预后都有明确意义的完整诊断。
在一般情况下，由于检查诊断条件所限，形态学诊断和甲状腺功能的诊断，应是甲状腺疾病必不可少的诊断内容。一般首选甲状腺彩色B超和甲功三项检查。
对每个怀疑有甲状腺疾病的患者，必须有对其甲状腺有无肿大和功能异常的两个方面的判断。已经明确有甲状腺肿大者，也要检查甲功三项，了解甲状腺功能状态如何，有无甲亢或甲减。有相关症状怀疑有甲亢或甲减者，也要做B超或其他方法对甲状腺形态进行检查，了解有无形态上的异常，及形态异常的特点和性质如何，这对甲亢或甲减的诊断治疗及预后估计都有重要的意义。对甲亢患者及怀疑有桥本病的患者，有条件的还应该做相关甲状腺免疫学检查，了解血液中甲状腺自身抗原抗体是否增高，对确诊、治疗的预后估计及是否又复发都有重要的指导意义。对疑有甲状腺肿瘤患者，则病理学检查和诊断则是必要的。需要通过粗针或细针穿刺抽吸涂片或手术活检，判断肿瘤的良性还是恶性，属于哪种具体性质的甲状腺癌。对手术的方案和预后都有重要意义。
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