亚甲炎的预后，一般良好，不留后遗症。亚甲炎的病程长短不一，可数周、数月或1～2年，常有复发。一般病程多为2～3个月。亚甲炎病程，有早期（可有甲亢）、中期（甲减期）和恢复期（甲功恢复正常）三个不同的阶段。
（1）早期：由于炎症使甲状腺滤泡大量破坏，滤泡中储存的甲状腺素释放到血中，血液循环中甲状腺激素大量增加，而发生短时期甲亢的症状。如心悸、气短、食欲亢进、消瘦、易激动、手颤、大便次数增多等。
（2）中期：甲状腺激素合成与分泌减少，储存的甲状腺激素也释放殆尽，血液循环中的甲状腺激素也逐渐减少。甲亢症状渐渐好转，继而出现甲减症状。如怕冷，食欲下降，皮肤干燥，关节疼痛，便秘等。如不及时治疗，病变会长期不愈，还会引起甲减症状加重。
（3）恢复期：随甲状腺滤泡的破坏减少，甲状腺滤泡开始增生与修复，甲状腺结构恢复正常。甲状腺激素的分泌水平趋于正常。甲减症状逐渐消失，甲状腺肿大回缩，甲状腺结节缓慢吸收，甲状腺摄碘功能不断恢复。绝大多数亚甲炎患者的甲状腺功能可以恢复到正常水平。

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