甲亢的治疗主要有三种方法：口服抗甲状腺药物内科治疗、外科手术治疗、同位素放射治疗。三种方法各有优缺点：
（1）口服抗甲状腺药物内科治疗：适用于大多数甲亢患者，不会造成不可逆转的甲减。适用于：①病情较轻、甲状腺肿大不严重的甲亢患者。②年龄在25岁以下的甲亢患者。③甲亢手术治疗前的准备。④作为同位素碘治疗的辅助治疗。⑤甲状腺手术后复发，而且不能做同位素碘治疗的患者。缺点是，疗程长，容易复发，且有造成粒细胞减少症的风险。必须定期检查血常规和甲功三项。
（2）外科手术治疗：甲状腺次全切手术，通过外科手术，切除大部分功能亢进的甲状腺组织，基本可以根治甲亢，复发率低。缺点是，可以造成永久性不可逆的甲减。手术本身也有感染、误伤周围组织和神经（失音、声哑），甚至误切甲状旁腺，造成不可逆的钙磷代谢紊乱等风险。术前准备不足，未用药物控制甲亢，还可以诱发甲状腺危象发生。对于25岁以下的青年甲亢患者，不宜手术治疗甲亢。
（3）放射治疗：甲亢患者可以服用一定量的同位素碘，利用其发出的射线破坏甲状腺组织，使生产甲状腺素的滤泡大量减少，继而分泌的甲状腺素也减少。同位素治疗实际上就是不开刀的手术治疗。此方法同外科手术一样，甲亢复发率很低，而且比手术安全、方便，没有手术本身的感染等并发症的风险。缺点是，也可以造成永久性甲减；如果剂量偏少也会引起甲亢复发；准备工作不足，也会诱发甲状腺危象；孕妇和哺乳妇女禁用，25岁以下女性也不宜放射性碘治疗。

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