免疫学检查对疾病诊断、疗效及预后估计都有重要的指导意义。许多甲状腺疾病，如GD甲亢、桥本甲状腺炎、特发性甲减等多种甲状腺疾病都属于自身免疫性疾病。患者血液中可存在多种异常的免疫球蛋白，对这些患者的发病、治疗效果和预后都有重要的影响。免疫学检查，即对患者体内的甲状腺疾病相关抗原抗体进行含量测定，可以得到自身免疫性疾病的证据。由于免疫学检查技术含金量较高，很多普通医院做不了，且收费较高，当前还难于作为常规检查普及。随科学技术的发展，这些抗原抗体的检测手段及内容在临床诊断中，也会越来越丰富，越来越普及。
甲状腺疾病的免疫学检查，已知的有三大类：①针对甲状腺组织抗原的抗体。如甲状腺球蛋白抗体（TGAb）、甲状腺微粒体抗体（TMAb）、甲状腺第二胶质成分抗体（CA  ₂   ）和甲状腺细胞膜抗体等。②针对促甲状腺激素（TSH）受体的抗体。如长效甲状腺刺激物（LATS）、长效甲状腺刺激物—保护物（LATS-P）、促甲状腺受体抗体（TRAb）等。TRAb又包括甲状腺刺激抗体（TSAb）、甲状腺生长刺激免疫球蛋白（TGI）和甲状腺功能抑制抗体（TFIAb）三种。③其他相关抗体，如抗甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、T  ₃   、T  ₄   抗体等。
目前一般三级医院可以检测的项目有：抗甲状腺球蛋白抗体（TGAb）测定，抗甲状腺微粒体抗体（TMAb）测定，抗TSH受体抗体（TSAb）测定，甲状腺刺激性抗体（TRAb），甲状腺生长刺激免疫球蛋白（TGI），抗甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）等。
免疫学结果阳性，是表示患者体内自身异常抗体增加的证据。不仅对甲状腺疾病的诊断（GD甲亢、桥本甲状腺炎等）有确诊意义，而且对其治疗的预后和复发也有明确的指导意义。比如甲亢，如果经过治疗，症状改善，甲状腺功恢复正常，但免疫学抗体检测仍然阳性，且数据较高，其复发可能性也大。反之，自身抗体下降，免疫学检查改善或转为阴性（正常），则复发率低，治愈可能性大。

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