在小儿甲减的治疗中，病儿的智力发育，是判断长期治疗效果的最重要的标志。
给予甲状腺激素替代治疗后，患儿很快食欲好转，精神活泼，便秘腹胀消失，生长发育迅速旺盛。有20%～80%患儿智力可以达到普通水平。5岁以前的儿童可用心理测验来判断智力，学龄儿童以学习成绩来判断。一般认为60%病儿学习成绩能达到普通水平。智力发育的好坏与甲状腺功能减退的病因和开始治疗的早晚有密切关系。小儿甲减发生越早，或小儿甲减发现越晚，治疗开始越晚，替代治疗疗效获益越少；小儿甲减发生越晚，发现越早，治疗越早，替代治疗疗效越好，智力损害可减少到最低，甚至可以达到正常人水平。
有资料报告，一般小儿甲减，治疗开始于出生3个月以内者，智商平均为89分。4～6个月开始治疗者，智商均值为70分。7个月以后开始治疗者，智商均值为54分。即小儿甲减半岁以后开始治疗者，其终身智力水平只有正常人的一半了。对婴幼儿一定要密切观察，可疑者要尽早检查甲功三项，甚至可以用新生儿脐带血查甲功三项，及早发现小儿甲减，尽早用甲状腺激素替代治疗，对于小儿智力发育的保护十分关键。

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